Институтот за општествени и хуманистички истражувања „Евро-Балкан“ е научно-истражувачка институција, сертифицирана од Министерството за образование и наука на Република Македонија (Решение бр. 33 за влез во регистарот на научно-истражувачки установи) и акредитирана од страна на Одборот за акредитација во високото образование на Република Македонија за вршење на образовна дејност на последипломско ниво.
Инситутот својата дејност ја структуира врз основа на следните организациски единици:
- Сектор за образовна дејност
- Сектор за научно-истражувачка дејност и применети политики
- Одделение за правно-административни работи
Секторот за образовна дејност е поделен на: Центар за високообразовна дејност на студии од втор и трет циклус-Школа за регионални студии, како и на Центар за образование на возрасни.
Центарот за високообразовна дејност на студии од втор и трет циклус-Школа за регионални студии се состои од следните организациски единици:
- Катедра за родови студии
- Катедра за студии на Југоисточна Европа
- Катедра за културни студии
- Катедра за Византолошки студии
- Катедра за културна антропологија
- Охридски летен универзитет
Секторот за научно-истражувачка дејност и применети политики се состои од следните организациски единици:
- Центар за родови студии
- Центар за современа политичка мисла
- Центар за визуелни и културни истражувања
- Центар за демократија и безбедност
- Центар за византолошки студии
- Електронска новинска архива со библиотека
Охидскиот летен универзитет и Библиотечниот оддел функционираат како одделни програми.
Најголемиот дел од вработените во Институтот се млади истражувачи, кои се дипломирани студенти, магистри или доктори на науки.
Мисија на Институтот е доследно спроведување на стандардите за академски квалитет што ја вклучува критичката мисла, придонесувајќи кон создавањето на нова генерација млад академски кадар, способен да ја трансформира националната и регионалната научна и образовна реалност преку нејзино доближување до тековните европски стандарди.